Đã 10 năm trôi qua kể từ tập cuối của bộ phim truyền hình, phi hành đoàn của Sidonia đã chuẩn bị kỹ lưỡng cho cuộc chiến lớn với sinh vật không tương tác, Gauna, để định cư ở hành tinh thứ bảy trong hệ sao Lem. Át chủ bài Nagate yêu Tsumugi tha thiết.&

Nội dung phim nói về những mánh khóe trong thế giới tội phạm siêu kỹ thuật, một hacker có tên là Bóng Ma đã tạo ra phần mềm có thể khóa ổ cứng của máy tính và buộc nạn nhân sử dụng phải trả một khoản tiền chuộc bằng những đồng tiền ảo. Đa Đa (Nhung Kate),